回別質問でも回答させて頂いた者ですが、私がドブロヴニクで泊まったsobeがとても良かったので紹介させて下さい。
『Pension Stankovich』"Croatia Pension Stankovich"で検索すればすぐヒットします。
4年前の情報ですが…ダブル1泊50euro（朝食別料金）空港送迎 往復60euro30代くらい？
の兄弟二人でやっていましたが、部屋はきれいですし、特に弟さんは英語が堪能で、一緒にバルコニーで飲んだり、とても感じの良いご家族でした。
旧市街からすぐですが、急斜面なので階段が少々しんどいです。。
でも見晴らしが良いのでそこは我慢ですね。
キッチン付きの部屋で簡単なパスタを作って、バルコニーからアドリア海と旧市街を眺めながら食事をしましたが、最高に幸せですよ～！
私は当時2０歳の女子１人旅でしたが、安心して泊まれるとても素敵なsobeでした。
予算が１人７千円でしたらもっと良いsobeもあると思いますが、候補にぜひ。

回４年前の6月末に個人旅行で9日間スロベニア・クロアチアへ行きました。
所要時間は記憶が曖昧なので場所だけ。。
スロベニアin→ブレッド湖→ポストイナ鍾乳洞→列車でザグレブ→バスで日帰りプリトヴィッツェ→ザグレブから飛行機でドブロヴニク→ドブロヴニクoutブレッド湖とポストイナ鍾乳洞はなかなか良かったですが、首都のリュブリャナは特に見所がないので、スロベニアは２泊で十分かと…列車で国境越えもなかなか良いですよ。
ザグレブも個人的にはあまり見所かなかったので、半日で十分だと思います。
プリトヴィッツェは是非行ってください！
6月の晴れた日は最高の景色です。
街でランチを買っていって、ピクニック気分で散策してみて下さい。
ドブロヴニクは小さな街なので、特にすることはありませんが、アドリア海の青い海とオレンジの瓦屋根の街並みが素敵で、私は3日間のんびりしました。
住宅街が見晴らしの良い傾斜にあるので、バルコニー付きのsobe（民家の貸部屋）がおすすめです。
クロアチアは必ずまた行きたいと思える国なので、ぜひ楽しんで来てくださいね！

回一本で行けるのでややこしくはないですが、バスの運行が時間通りでなかったり時刻表もあいまいなので、時間に余裕が無いとか確実性を高めるのであればお任せしたほうが楽なのは事実ですね。

回２月１０日が少しハードな気がします。
スプリットからザグレブへの移動はクロアチア航空での移動をおすすめします。
電車での移動は非常に時間がかかり疲れます。
その行程だと、夕方の電車になると思うので景色も楽しみにくいと思います。
飛行機も安いチケットが残っていると５０００円程度で買えますよ。
クロアチア航空のＨＰでチェックしてみてください。
ウィーンからドブロブニクまで直行便も飛んでいると思いますので直行便で行くのもいいかもしれませんね。
ただ、冬に行ったことがないのでわかりませんが。
９日のドブロ⇒スプリットのバスは朝早い便に乗るほうがいいですね。
トロギールからスプリットに戻るバスはローカルバス乗り場と長距離用バス乗り場のどちらに着くか把握して乗ることをおすすめします。
まったく違う場所に到着します。
私が以前にオーストリア経由でクロアチアへ行った際はウィーン空港の目の前のホテルに宿泊しました。
本当に目の前のホテルだったのですごく便利でした。
美味しいワインと美味しいシーフードにピザ、楽しんでくださいね！

回スプリトはドブロブニクではないので、質問がよくわからないのですが、ドブロブニクとプリトビツァはあまりに遠すぎるので、現実的にスプリトと組み合わせが可能かを回答します。
夏ならば、日没が遅いので、レンタカーを使えば可能でしょう。
午前１１時までスプリト、そこから移動して午後２～３時頃着、日没（午後８時前）までプリトビツァ観光。
冬は絶望的ですね。
公共交通機関利用なら、夏でも無理です。
次の時刻表に、「Plitvička Jezera」と「Split」をそれぞれコピペして入れてみてください。
出発と到着を逆転もさせてみてください。
そのままコピペしないとPlitvičkaをPlitvickaとするだけで検索できません。
ザグレブ－プリトビツェも検索できます。。
また良い時間帯のバスはありません。
確かに夏は便数が増える可能性は否定しません。
仮にタクシーなら交渉次第ですが２００ユーロぐらいで行くとは思います。
４人ならひとり５０ユーロとすれば割安かもしれません。
クロアチアは九州より大きな面積があるということを十分理解の上、地図を見てください。

回領土の帰属問題を抱えているセルビアを除いて、旧ユーゴスラビアは出入国スタンプにさほど神経質にならなくて大丈夫です。（セルビアは入国スタンプを非常に気にします。）ご質問は、クロアチアにほんの数Ｋｍだけある「ボスニアの飛び地のこと」をおっしゃっているのであれば、何も気にする必要はありません。
バス運転手に云々という回答はあの飛び地を知らない方なんだろうと想像します。
モスタル、コトルに関しては、それぞれに出国、入国の国境がしっかりありますので、スタンプは通常は押されるはずです。
仮に押されなかったとしても、神経質になる必要は全くありません。
スタンプが押されない責任はパスポート所持者側にはありません。

回クロアチアには今年６月に行っていますが・・・プーラですか？
何もありませんよ。
その後スプリットやトロギール、ついでに最終ドブロヴニクにもいくみたいですし、とくに知り合いがいるとかでなければはずしたほうが良いと思います。
全部似たような町です。
どうしてもイストラ方面に行きたいなら手前のリエカですかね。
電車で直行できますし、バスの本数も多いです。
また一度ザグレブに戻るのもあほらしいので、karlovac経由でプリトヴェッツェの公園に向かうと良いと思います。
飛行機って結構ロスもおおいですからね。
そのほかは良く調べていると思いますが、プリトヴィッツェからトロギールに行くには一度スプリットについてから船かバスでトロギールに向かう必要があります。
バスはローカルなものから直行するものまで本数が多く、対して船は観光とそのほかの小島に住んでいる人用なので一日数本しか出ていません。
また所要時間はスプリット→トロギールが１時間くらいです。
よって５日目の日程が非常に厳しいでしょう。
わたしなら１日余裕を持たせてプリトヴィッツェ公園→スプリットでホテル直行し、イカ墨パスタでも食って旧市街観光し、バーで飲んで寝る。
次の日にトロギールもう一日余裕があればフヴァル空いた時間はカフェで自堕落に過ごす。
くらいですかね。
がんばればトロギールとフヴァルを１日にまとめられないこともありませんが。
ああ、それから電車ですが、上記で提案したリエカ以外だとプーラがリエカ乗り継ぎでいけなくもありません。
１日つぶしますので観光はまったく出来ませんが。
ほかの行程もスプリットは公園経由なので電車はムリですし、やっぱバスになります。
私もクロアチアではバスを多用しました。
どうしても電車が利用したいのであれば、おもいきってザグレブ→リュブリャーナ（スロヴェニア）→ボストイナ（スロヴェニア）→リエカ→ザグレブにすれば全行程電車が十分可能です。
ドブロヴニクって日本人は魔女の宅急便のモデルとか言ってもてはやしているみたいですが、ちょっと言いすぎだと思います。
あんまり似ていませんし、旧市街の中身全部観光地テーマパークです。
個人的には海に隣接していないことを差し引いてもスロヴェニアのマリボルとかオーストリアのグラーツのほうがイメージ似ているんですけど。
バス。

回出発時間をホテルにあらかじめ告げ、チェックアウトを前日に済ませておけばいいのでは？
そこまで早朝発でなくても私は朝は慌ただしいから、と私もやってますが断られたことはありません。
空港までのタクシーもあらかじめホテルに頼んで予約すれば手配してくれると思いますが。
心配ならメールで問い合わせてみたらいかがですか？
タクシーを使うなら空港に近いほうがいいですが、民宿の様な所よりちゃんとしたホテルのほうがタクシー予約は慣れていて安心かと思います。
私はドブロブニク空港近くのツヴァットで送迎無料のホテルで早朝６時にお迎えにきてもらったことがあります。
少し説明不足なので追記：チェックアウト=ホテル代の清算の意。
鍵はあらかじめ打ち合わせておき、指定の場所に置けばいいと思います。

回どの街も、本当に小さいので、欲張りたいのなら欲張れると思います。
ザグレブをあきらめて、リュブリャーナか、ベネチア（スロベニアのポルトローシュからジェットホイルで数時間）アウトにすれば、スロベニアは楽に回れると思います。
ただ、アドリア海は晴れて何ぼの海の色です。
ある程度余裕を持たないと、どんよりした街を見ても、寂しいと思います。
地中海側ですから、冬はそれなりに降りますよ。

回ナマステ！
数年前ですが、ザグレブ→ドブロブニクのフライトを前日に取り１万もしませんでした。
確か８月だったと思います。
前の方の言うとおり、レートの計算間違いかと思いますよ。
もう一度計算してみてはいかがでしょう。
よい旅を！！