回去年の６月に家内とランカウイに行きました。
またランカウイに子供連れで行きウエスティンのヴィラに泊まった友人も話も含めて回答します。
【経由地に付いて】個人的にはクアラルンプール経由をお奨めします。
理由は空港の広さがクアラルンプールの方が小さく移動が簡単ということと、ＪＡＬからの乗継時間が約２時間と丁度良いのが理由です。
乗継の方法ですがＪＡＬはサテライトに到着しますので５分毎に動いている電車（エアロトレイン）に乗り２－３分でメインビルに移動します。
到着して電車を降りた正面にトランジットの案内があり、イミグレは１Ｆ下の階だったと思います。
手荷物検査も殆どなく簡単に国内線の待合室に到着します。
道順を知れば移動時間は飛行機を降りてから１０分は掛かりません。
少々迷っても２０分あれば大丈夫です。
なお預入れ荷物はＪＡＬにチェックインする時にランカウイ行きのチケットも見せてランカウイ受取りにした方がはるかに楽です。
【ホテルの件】（これは友人の情報です）「目の前が海で楽しめた。
プライベートプールは他人に気兼ねをしなくて良いので非常に良い。
フロントまでの距離は遠く（２００ｍ？）子供連れのために移動時はカートを呼んだ。
家族や小さな子供連れの場合はお奨め」とのことです。
フォーシーズンズ、ダタイなどは最高級のホテルなので子連れはちょっと大変だと思います。

回ロイヤルチュラン以外は経験者です。
ウェスティンはオープン直後に泊まっただけなので、「豪華」だったという記憶はなく、自分の中では、朝食でのBESTはマンダリンオリエンタル（MO）ですが、「予算オーバー」とのことですので、評判がよろしいのならウェスティンが屋台街（アロー通り）にも近いので“BETTER”でしょうか。
それに、モノレール駅から10分はかからないと思いますし、隣のスターヒルにも各国料理店が入っています。
KLIAエクスプレスをどうしても利用したい、というのならヒルトンKLでしょうが、ほかの方のご指摘のように3人なら空港からタクシーの方がいくらかお得なはずです（空港からタクシーを利用する場合は行き先によって料金が決まっているクーポン制となっているので、バジェットタイプはRM75くらい、プレミアでRM102程度）。
ちなみにヒルトンKLは、KLセントラル駅から歩かなくても、KLIAエクスプレスの改札前にホテルのスタッフが立っていて、無料で駅から（すぐそばの）ホテルまで車で送ってくれると思いますが（少なくとも数年前はそうでした）。
メリディアンと共用のプールには子供用のウォータースライダーがありますからお子様はプールを楽しめるかも知れませんが、この両方のホテルからはツインタワーは殆ど見えません。
また、中心部へのアクセスは不便です（むろんタクシー利用なら別ですが、マレーシアのタクシーの評判はすこぶる悪く、KLに料金が若干高いプレミアタクシーが走るようになったのは、その影響があることは間違いありません）。
LRTの駅は近いのですが、ブキビンタンへはモノレールが便利なのですけれどモノレールのKLセントラル駅は遠く離れていて（私にはモノレール駅が『近い』という感覚はないので）LRTでダン・ワンギ駅まで行き、そこからちょっと歩いてモノレールのブキ・ナナス駅からブキビンタンまで乗る方が楽なように思います。
シェラトンは近くに屋台もあります。
SOGOへは歩ける距離ですが、日本のそごうとは現在は関係ないし、あの辺は「街」ではあっても下町っぽいところですよ（シェラトンが位置するのは、繁華街とは言えないと思います）。
なお、モノレールやKLセントラルを通るLRT―中心部は地下を走るだけで『メトロ』ではないと思います―は、車両が短いので、ラッシュ時は乗りきれないこともあります。
蛇足ですが、シャングリラは決して（KLでは）安くはありません。
それに、このホテルがあるのは先述のブキ・ナナス駅の近くです。
また、パヴィリオンはブキビンタンにあるので、ウェスティンとは道路をはさんで向かいです。
シャングリラ系のトレーダースホテルなら新しいのできれいでかなり安く、MOとブキビンタンの中間あたり、ということになりますが、5星クラスではないでしょう。
ヒルトンKL、メリディアン、トレーダースはシャワー洗浄式トイレとなっています（但し温水ではありません）が、MOやウェスティンはそうではありません。
トレーダースは、KLCCの地下通路に“↑TRADERS HOTEL”というような表示があったりしますが、そのまま地下道で行けるわけではありません。
ショッピングモールのスリアKLCC まで、KLCC公園の脇を走る電動バギーの無料シャトルがありますが、コンベンションセンターで大きな催しがあったりすると運行されないこともあります。
KLCC公園には、どのようにすれば利用できるのかは知りませんが、子供用プールがあります。
クラブフロアは、部屋数が多いのかクラブラウンジはテーブル数が多いだけで特別なレイアウトということはなく、年齢制限があるのか（お子様も利用できるのか）覚えていませんが、イブニングカクテル時は混んでいますしシャンパンはありません。
オードブルもそれなりです。
ラウンジでの朝食も、別に、という感じでした。
ただ、ツインタワービューの角部屋であれば、ツインタワーだけでなく別の窓からKLタワーも見えます。

回ご質問の文面だけから判断すれば、ヒルトンKLをオススメします（ご存知でしょうが、KLエリアにはヒルトン・ペタリンジャヤもあります）。
街歩きや飲食はホテル以外でしようとするのであれば、ヒルトンKLよりも街中のホテルの方がよろしいと思いますが、私だったらそれでもウェスティン以外に泊まるでしょうし。
空港から高速鉄道（KLIAエクスプレス）で行くと、ヒルトンKLのスタッフが立っていて、宿泊客である旨を伝えると、車まで案内してくれ、無料で送ってくれます（KLセントラル駅からは、横断歩道を渡って、エレベーターで上がれば済む近さなのに）。
マラッカへ行くバスが発着するプドゥラヤ・バスターミナルは、両ホテルのちょうど中間あたりにあり、タクシーでいくぶんには、どちらのホテルからでも殆ど変わらないだろうと思います。
私はKLのタクシーは嫌いなので、できるだけ公共交通機関を利用するようにしていますが、KLセントラル駅からはLRTでも行けます（最寄り駅はプラザ・ラクヤットですが、パサール・セニ駅からも歩けない距離ではありません）。
ポイントは「ショッピング」だろうと思いますが（ウェスティンなら「繁華街に近い」どころか、繁華街そのもののブキ・ビンタンに位置し、すぐ前は最新のショッピングモールのパヴィリオンですが）民芸品のようなものはセントラルマーケットで買えますから、ここはLRTのパサール・セニ駅の近くなので、ヒルトンKLの方がウェスティンよりも便利です。
スリアKLCCには伊勢丹もあるし、KLCCへはLRTで、乗り換えなしで行けます。
部屋がアップグレードされるとどう違うのか知りませんが、クラブフロアになったとしても、ヒルトンKLからはツインタワーは殆ど見えません。
KLセントラルからはモノレールでブキビンタンへ行ける、という回答がつくかも知れませんが、ヒルトンKLからモノレールのKLセントラル駅は歩きでがあります。

回マンダリン・オリエンタルのプールは、雰囲気もサービスもKL一ですが、お子さんがそれを感じ取れるかどうかは、わかりません。
シャングリラのプールには子供用プールもあります。
利用者も少ないような気もしますので、逆に利用しやすいかも知れません。
ウェスティンに泊まった時にはプールはまだオープンしていなかったので見てはいませんが、ホテルの造りからして、たいしたプールではなさそうです。
ウォータースライダーがあるのは、ヒルトンKLとメリディアンです（プールは共用です）。
KLセントラル駅のそばなので、LRTでチャイナタウン（のあるパサール・セニ）やKLCCへは移動しやすいのですが、街の中心部からは離れているということでもあり、大人にはつまらない（？）ホテルかも知れません（でもトイレは洗浄便座です）。
利用方法は知りませんが、KLCC公園に子供用プールがあります（ウォータ－スライダーもあったと思います）。
そのプールに最も近いのはトレーダース・ホテルです。
トレダース・ホテルのプールは屋内なので天候に関係なく利用できますが、子供用プールはとても小さいものだったように記憶しています（実はここも洗浄便座です）。
郊外になりますが、サンウェイ・リゾートは、プールで有名なホテルです。

回クアラルンプールではなくて、ペナン島の極楽寺です。
ペナン・ヒルの南東麓にあるマレーシア最大の仏教寺院で、このパゴタは下部が中国、中央部がタイ、上部がビルマ様式になっている珍しい塔です。

回エアロバス・スカイバスの両方の便に空白が出来る時間帯は２：４５～４：３０分の約１時間４５分の間ですので、まあほぼ２４時間運行の感覚で大丈夫です。
深夜でも日本の田舎のバスよりよっぽど早く来ます（笑）バス会社オフィシャルの案内からエアロバスam２：３０最終/am４：３０始発スカイバスam２：４５最終/am７：００始発SKYBUS・エアロバスとLCCT-KLIAオフィシャル案内貼っておきます。

回ドロップカウンターで２次元コードプリントした搭乗券を見せればokです。
国内線でもドロップカウンタでパスポートチェック（ドキュメントコントロール）を受けます。
あとは搭乗口近くで自分の便の備考欄に「CANCELED」「DELAY」が点かないか気を付けて見てれば良いでしょう。
エアアジアの欠航（まとめ欠航）による遅れが無ければ十分問題ないと思います。
これがいわゆるエアアジア名物ドタキャンです。
特に登場率が悪い時の近郊便に発生します。
時間帯や人気路線LGK便はキャンセルになりにくい時間だとおもいますが、もしキャンセルになったらどうするか考えておいたほうが良いでしょう。
例えば振替で次の便に絶対に乗れるのか？
マレーシア航空便にカウンター買いで変更したほうが良いのかとか。
２便連続キャンセルが有るかどうかは知りませんがまあ一便キャンセルあったところでLCCT２０時着ぐらいですから時間が押してドキドキするだけで２１時頃にはKLIAには着けると思います。
これがあるから帰国時や次便が有る場合KULまでエアアジアを利用する場合、前日にはKLに着いてるか半日以上余裕を持ってチケットの手配をする方が多いのです。
まあ心の順位をしておけばいいでしょう、基本スムーズに行くと思います。

回シンガポールは小さな国ですがマレーシアは広範囲に及びます。
シンガポールから日帰り可能と言えばジョホールバルとマラッカくらいですね。
ジョホールバルは近くて手ごろですが特に観光的な見どころはなくマラッカは歴史ある古都ですがバスで片道がっつり４時間かかるため日帰りでは滞在時間が数時間しか取れません。
実際、朝出発して到着後ランチ、その後１時間半ほどぶらぶらして帰路に着く時間となりました。
マレーシアの長距離バスはきわめて乗り心地が良いのですが「短時間」の条件を満たすのはジョホールバルしかありません。
何しろ国境の町ですから。。
マラッカへの道中へはジョホールバルでのマレーシア入国審査を含みます。
これで２０～３０分取られました。
補足の回答ジョホールバルで入国審査を終えた時点ですでに1時間半、そこからマラッカまで2時間半です。
片道4時間みてください。
かなり飛ばしてもそれくらいかかりました。

回補足：５年くらい前なので記憶は微妙ですがたぶんフェーバータワーの並びのホンリョンかパブリックバンクと同じロットの大通りに面した並びのスクールだったような記憶があります。
もちろん名前も忘れてしまいました。
スター紙のクラシファイドのスクールを見てればタマンデサの教室が載ってるのはそこしか無いです。
ショップロット１軒分の間口なのでゆっくりと看板を足で探してみてください。
たぶん馬英漢字で看板があったような記憶があります。
１階です。
コストで比較してみればいいと思います。
先生になる予定の人を無料で面接させてくれます。
まあ私の時は少し混んでい空いている先生は１人だけでしたが。
テキスト代が掛かりますが入学金は当時無かったと思います。
ICLSでは入学金掛かりました。
近所の某日系企業の「○の素」の駐在さんも利用されてたそうです（笑）ローカル価格外人価格が存在するか知りませんが、週１回９０分×４週の参考料金をローカルに電話問い合わせさせたほうが確実だと思います。
週や月当たりの受講時間が増えれば割引率も多くなります。
下記に記したとおりごくごく普通でプライベートなら基本何処で受けても教師とテキスト次第ですから大手と遜色ないです（はずです）。
プライベートは結局時間当たりのコスパ重視で行けば問題ないと思います。
う～んなつかしいな～タマンデサ大長今の牛タンと骨付きカルビ安くてうまかったな～スクール形式の週末限定と言うところは探しにくいかもしれません。
ICLSは土曜日開講もweb上では有りますが時間表だと土曜日の英語は有りません。。
そこを見つけるまではスバンのICLSで個人受けしてましたが割高感がありました。
ちなみにローカル英字新聞で見つけました。
ローカル向け校は会社のローカルに電話問い合わせさせ、英語プライベート価格を聞かせれば結構安いし話も早く通ると思います。
スクール形式に比べ割高に感じますがローカル系ですと日系やメジャースクールと比較して２～３割程度安く感じます。（時間のまとめ買いすると５割ぐらい安く感じます）自宅や会社近くのショップロットをお探しする事をオススメします。
私はタマンデサで見つけました。
大手スクールの参考は下から検索してください。

回ウェンディーツアー、日本語ツアー専門？
の旅行社でやってます。
クアラルンプールの変なモノレールでbukit bintan駅下車、徒歩10分はしない距離03-2145-4518 マレーシア国外から60-3-2145-4518、パンフレット冊子にて参照しました。

回笑いが止まらないほど、おもしろかったですがｗ今でも、行けば、面白いことは保障されているので、楽しみで仕方ありませんｗ

回調べてみたら５月５日が祝日（ウェサックデー）となっていますが特に規制とかないですよね？
○とくに心配は有りません。
日本で言うお花祭りです。
大きな祝日ではないので心配は無用です。
仏教系の寺院はいつもと違う雰囲気が味わえると思います。
現地についてから空港でまず両替してその後レートの良いオススメの両替所はありますか？
○現金という条件で。
空港の両替で１～３万円分程度のホテルデポジット、タクシー代など当日必要と思う分を両替。
市内に出てからライセンスを持った民間両替商が多数ありますからホテルなどでどの辺にあるか聞きます、そちらの方がレートは良いので場所とレートの比較と確認。
レートが悪い順番は空港＞銀行＞民間両替商民間両替商ですと２％前後の手数料です。
日本航空を使用し、帰りは普通のバックを預けたいと考えてたんですが日本に着いてからロストバケージにあう可能性ってスーツケースに比べ高くなりますか？
△スーツケースでも無くなる時は無くなるので差は無いです。
成田空港を午前１１時３０分出発予定ですが空港には何時間前に到着してた方がいいでしょうか？
やっぱりゴールデンウィークで混んでますか？
△最低最悪でも６０分前締め切りですからCIは６０分前ですが、多少の混雑を考えれば２時間前が無難ではないでしょうか。
ペドロナスツインタワーは整理券を配ってると見たのですがどのくらいの人気で何分前に並んだ方が良いと思いますか？
また整理券がなくてもペドロナスツインタワーを登る方法ってありますか？？
×整理券がないと入場できません。
８時半から配布開始。
ですが列は早く出来ますので早めに行っていた方が良いです。
８時前に並べば当日の時間ロスは少なくなると思います。
まあ行列と合わせて４時間は潰れる可能性が有ります。
○クアラルンプール国立動物園熱帯魚好きにはと思います。
超巨大アロワナとか居たりして。
オランウータンや虎は結構好きな方は好きだと思います。
一人旅なら行かなくてもいいような気もしますが。
○ポートディクソン（海）無理に観光する必要は無いと思います。
あまり綺麗では無いです。
それでも海を見たいというならどうぞ。
○クアラセランゴールホタル鑑賞まあ綺麗といえば綺麗、日本ではあの乱舞はまず見れないと思います。
マラッカへはバスを利用して行きたいと思いますがバスターミナルで前日にチケット（往復）の予約は可能ですよね？
○日付、時間指定可能です。
バス会社によってバスの席のランクが選べると見たのですがオススメとかありますか？
○１往復だけ使ったことが有りますが、基本３列シートだと思います。
個人的に４列は見掛けた事がありません。
トランスナシオナルが便数も多いのでいいと思います。
時間が合わないとかなら他のバス会社でもいいと思います。
座席の並びは券を買うときに確認してみてください。
帰りはタクシーの運転手に「マラッカバスターミナル」って言えばバスターミナルまで乗せてもらえますよね？
○「マラッカセントラル」or「バスターミナル」で通じます。
メインの呼び方はは「マラッカセントラル」です。
不安ならメモ書き「GO TO Melaka Sentral Bus Terminal」を見せるだけで十分です。
TAKSI MEATERがメータータクシーですが使ってくれません。（正規）KERETA SEWA（意味は車貸し）もタクシーの一種です交渉性のタクシーのようなものです。
メーターは有りません。（正規）タクシー、クレタセワどちらも正規ライセンスを受けてる車はナンバーは白地に黒文字です。
黒字に白文字は白タク（自家用登録）ですから乗らない様に。

回KLIAエクスプレスで荷物と一緒にKLセントラル駅に直行されるのであれば、駅近くの次の2つのホテルがおすすめです。
いずれも日本円で1泊4,000円前後、モノレールのKLセントラル駅にも近いのでブキビンタンなどKL中心街に出かけるにも便利です。
中華街に行くにはバスかタクシーになりますが、歩いても行けます。
近くにもっと安いMy Hotel KL Sentralというのもありますが評判は今一つです。
①Hotel Sentral ②Hotel Summer View

回マレーシアのビザの内容は下記の通りです。
学生ビザを取ることもできますが、少し面倒です。
日本人の場合、ノービザでも９０日間の滞在が出来ます。
従って、数か月？
の滞在なら、ノービザで入国し、９０日経過直前に、一旦出国し、再入国すれば、また９０日間の滞在が可能です。
タイのバンコクなど近隣国へ行ってくればいいのですよ。
エアアジアという安い航空会社があります。